ステージ11。最終ステージ。
空母に辿り着いたノーマッド。
VTOLを降りるとエレナに出迎えられる。
甲板にはエイリアンのマシンが転がっており、サイコが回収してきたらしい。（Crysis：Warheadにて）
隊長はイカれちまった。
モリスン提督より、宇宙船からM33星雲へ信号が送られているらしい事、これより島に対して核攻撃を行う旨を伝えられる。
武器庫にてクレードルで調整を受ける隊長。
隊長が島で作り上げた武器「MOAC」を見ながら驚くサイコ。
「素質」があったのさ。と隊長。
ナノスーツの調整が終わり、「MOAC」を手に島に戻ろうとする隊長。
間もなく核攻撃が行われる島に戻るなんて正気じゃないと止めるサイコだったが、
知ったことか、と隊長は部屋を出て行く。
ナノスーツの調整を受けるノーマッド。
エレナの発案によりナノスーツにエイリアンに干渉するためのパルス発生機能が追加される。
研究員が、小型戦術核を発射できる「TACキャノン」を持ってくる。
「使っていいか?」とノーマッドが冗談をかますと、「駄目です」と真顔で怒られる。
隊長はVTOLを奪取し、島に戻っていったらしい。
島への核攻撃が行われる。
その直後、エネルギースフィアが膨張し始める。
核攻撃は敵に力を与えてしまった。
エイリアンのマシンの大群が世界中に向けて移動し始める。
空母にも多数のマシンが押し寄せてくる。
甲板で飛来してきたマシンと応戦する海兵隊。
空母の原子炉がメルトダウンしそうになっている為、制御棒を下ろしにいく。
ナノスーツは原子炉の中でも平気なのだ。
原子炉から司令室へ戻る途中、武器庫で敵との戦闘になる。
敵は完全に空母の中に入り込んでおり、もはや空母を死守することは不可能な状態だ。
他の艦は、エイリアンのバトルシップの体当たりを受け、轟沈していく。
この艦を救えるのはお前しかいなぁぁあ…
エイリアンエキソスーツが甲板に上がって来ているので応戦する。
ナノスーツから送られる信号により、エキソスーツにダメージを与えることが出来るようになる。
エキソスーツを倒し空母から脱出しようとしたその時、海中よりエイリアンバトルシップが姿を現す。
エレナがエイリアンバトルシップのバリアを無効化した後、TACキャノンで核弾頭を撃ちこんでいく。
バトルシップとの戦闘中も絶えずエイリアンマシンが攻撃してくる。一人体多数の不利な状況。
バトルシップのハッチへTACキャノンをお見舞いし、バトルシップを破壊することに成功するノーマッド。
空母に墜落してくるバトルシップより早くVTOLに乗り込むノーマッド。
空母とバトルシップは海の藻屑と消えていく。
プロフェット隊長から連絡が入り、彼が島で無事でいることが分かる。
ノーマッド、サイコ、エレナが乗ったVTOLは進路を島に向ける。
島に戻った後のラプターチームの活躍については、公式コミックで語られているらしい。