キャンペーン続き。
CELLのネクサスの稼働を止め、「システムX」と呼ばれるものを停止させる為に施設に向かう。
施設地下で工作を行った後、施設最上部にてシステムXの停止操作を行うが…
「システムX」の正体はプロフェットが探していた「アルファ・セフ」だった。
CELLはアルファ・セフからエネルギーを取得していたらしい。
目覚めたアルファ・セフによって施設を破壊されてしまう。
ナノスーツとセフの混合物と化しているプロフェットは、セフと精神がリンクしてしまっており、セフからの干渉を受けてしまう。
それを逆手に取りセフへの干渉を試みようとするプロフェット。
その為に必要なナノスーツのクレードルを探す為、CELLのスキニングラボを目指す。
道中、元気に暴れまわるドリルウナギ「システムX」改め「アルファ・セフ」の姿を目撃する。
「アルファ・セフ」が目覚めたことで、休眠状態だったセフが覚醒し、ドーム内にて破壊活動を開始する。
「スコーチャー」を始めとする何体かの新セフが登場してくる。
CELLはセフが復活した事により「レッドスター・ライジング」と呼ばれるコードを発令する。
コードの意味する事を反乱軍は把握しておらず、CELLはドームから撤退していく。
スキニングラボ。
ハーグリーブとラッシュが開発したナノスーツだが、ラッシュがハーグリーブラッシュ社を追われた際にデータを削除してしまった為にCELLは既存のナノスーツを解析し技術を得る必要があった。
捉えられたナノスーツ戦士は、スキニングラボで無麻酔でスーツを剥ぎ取られていたらしい。
イベント中、サイコよりドッグタグを3つ渡される。
かつての部下、ラプターチームの「アズテック」「ジェスター」そして「サイコ」のドッグタグ。
プロフェットが「命令」に従った事による犠牲だとサイコから非難される。
クレアにより「レッドスター・ライジング」の全貌が明らかになる。衛星軌道上のアーク・エンジェルという軍事衛星にアルファ・セフのエネルギーを集中させ、NYを攻撃するらしい。
クレアを救出する為に、再びドーム内を移動する。
このチャプターではビークルに乗って移動するのだが、ただ移動距離が長いためにビークルに乗って移動するというだけで冗長な特に意味のないシーンと化してしまっている。
クレア、そして行方不明になっていたラッシュと合流。
レッドスター・ライジングによるアーク・エンジェルの攻撃が行われるが、エネルギーの充填が5％であった為、NYが消滅することはなかった。
そしてセフDNAを体内に取り込んだ為に、セフとリンクしてしまいアルファ・セフの傀儡と成り果てたラッシュが語り始める。
セフの地球侵攻は次の段階へ。
第一段階では種まき船と呼ばれる宇宙船（Crysis1のコア）にてエネルギーを集め、第二段階への進化の準備を行い、
第二段階では第一段階で生産した環境適応能力の高いセフ兵と胞子兵器を用いてテラフォーミングを行なっていく。
原住生物の抵抗により第二段階の侵攻が遅れた場合に第三段階へと移行する。
第三段階では、M33星雲のセフの本隊を地球に呼び込むことで一気に地球侵攻を完了させる。
地球のセフは種まき船が覚醒したCrysis1 より40年をかけて進化してきた存在だが、本隊は5億年をかけて進化した存在であり、地球に到着してしまえば人類の敗北は確実となる。
突如シスの暗黒卿として覚醒し、フォースライトニングを放つラッシュ。
再び現れたアルファ・セフから逃げるため、VTOLに乗り込み脱出。道中ラッシュから攻撃を受けたことによりクレアが死亡する。
セフ本隊を呼び込む為のワームホールを形成するビームに近づくためにセフの対空砲を破壊する。
対空砲を全て破壊し、ビームに近づこうとしたところで、セフの前哨司令であるマスターマインドが襲い掛かってくる。
VTOLで倒そうとするサイコだったが、逆に攻撃を受けやられてしまう。
マスターマインド戦。
マスターマインドは周囲にビットを従えているので、適当にビットを撃ち落としつつ、物陰から攻撃することで安易に倒すことが出来た。
そして地下へ。