キャンペーン開始。
冒頭からプレイヤーを置き去りの状況から始まるのは前作（Crysis2）同様。
Crysis2にて、マンハッタンのセフを殲滅し、EDにて「プロフェット」を名乗ったアルカトラズ。
ナノスーツの開発者の一人であるラッシュがアルカトラズにコンタクトを図り、いよいよ人類のセフへの反撃が始まるというところで終わっていただのだが、Crysis3はCrysis2の23年後、プロフェットがアルファセフなる存在に見せられた予言（宇宙にてボロボロになって漂うナノスーツとセフの巨大船が地球に向かっているシーン）の回想から始まる。
23年の間に人類はセフを駆逐したようだ。
セフの技術を利用したCELLはNYをドームで囲み、それを用いて地球征服を企んでいるらしい。
ドーム外側の港に停泊している船の甲板の装置に封印されているプロフェットをサイコ率いるレジスタンスが救出する。
Crysis1,Warheadではナノスーツを着用していたサイコだが、CELLにスーツを剥ぎ取られたしまった為今は生身で戦っているらしい。
サイコと共にドームの中を目指す。
ゲーム開始直後から、夜の嵐という最高に視界の悪いシチュエーション。
ドームの外壁の施設内のディスプレイには、ナノスーツを着ていた頃のサイコの映像がいたるところで流されている。
映像的にサイコが着ていたナノスーツはCrysis1,Warheadの頃と変わらずナノスーツ1.0サイクスモッドなのだろうか。
サイコの話では、プロフェット以外のなのスーツ着用者は皆CELLにスーツを剥がれてしまっているらしい。
ようこそニューヨーク2.0へ。
マンハッタンの摩天楼はジャングルに飲み込まれてしまっている。
セフは既に過去の脅威であり、現在の脅威はCELLであると言うサイコ。
一方、プロフェットはアルファセフに見せられたビジョンを信じ、いまだセフこそ脅威であるという。
相変わらず仲の悪いプロフェットとサイコ。
しかしサイコはモデルが変わった為、Crysis1,Warheadに比べて輪郭が丸くなってしまっている。
ドームの中。
大地は廃墟とジャングルに覆われているが、遠景にはタワーやドームが広がっているという不思議な光景。
ところどころに配置されているAPCやピンガーの残骸がCrysis2からの時間の経過を感じさせる。
どこから侵入したのかドームの中には鹿やリスなどの動物が徘徊している。
今作の日本語。
Crysis1の時に自身が語るに「才能があった」らしく、プロフェットはセフの武器を使用することが出来る。
プロフェットがドーム内の防衛タワーを破壊した事で、ドーム内に隠れていたストーカーと呼ばれるゼノセフがドーム内を徘徊しCELL兵へと襲いかかる。
CELL,セフとの三つ巴の戦闘を行いつつも、レジスタンスのアジトに向かう為、サイコとプロフェットはドームの奥へと進んでいく。
列車を暴走させて突破するというサイコの作戦に文句をつけるプロフェットだが、彼の隊長時代の働きを見る限り人のことを言えたもんじゃないと思う。
レジスタンスのアジトへ到着。
アジトにはCrysis2のエンディングにてアルカトラズに接触してきた「ラッシュ」がいた。
ラッシュは、Crysis2に登場したハーグリーブと2人でハーグリーブラッシュ社を設立し、対セフの為にナノスーツを開発した人物だ。
ハーグリーブが語るところによると、2人ともCrysis2の時点で100歳を超えており、ツングースカ大爆発の際にセフの技術を手に入れ、セフの侵略に備えていたらしい。
ハーグリーブは身体を冷凍保存し意識を電子化することで100年を生きていたが、ラッシュは若々しい外見のまま存在している。ナノスーツが他の人物とは違う反応を示したところからもきっと人外なのだろう。
Crysis2の主人公アルカトラズはどうなったのかという説明はストーリー中では語られることは今のところ無いが、ゲーム中に入手することが出来るアーカイブに少しだけ記載があった。
プロフェットはCrysis2の直前でマンハッタンウィルスに感染してしまった為、自身の肉体のスペアが必要となり、瀕死のアルカトラズに自分のスーツ着せ、深層プロトコルが完成した段階で意識を乗っ取ったようだ。
更に技術者に「歩く死体」と呼ばれた「死体がスーツに動かされている」状態だった身体は、ナノスーツとセフDNAの融合体へと進化しているらしい。
肉体を乗り換えてまでもセフを追い続けるプロフェットの執念がどこから湧いてくるのかまだ現時点では不明だが、1の頃から誘拐されたり凍死させられかけたり、部下を惨殺されたりしていたので、どうせ個人的な怨みで動いているような気もする。